A helység Székesfehérvár török kézre jutása idején, 1543 körül elnéptelenedett. A helybeli közbirtokosok és szolgálóik elmenekültek a török elől, vagy pedig, aki nem menekült el, elpusztult. Helybeli lakosságra utaló adatnak a későbbi forrásokban, mintegy fél évszázadon át, semmi nyoma. A pusztulás méreteire jellemző, hogy az 1543. évi rovásadó-összeírásban Fejér megyének a Duna és Fehérvár közé eső területén mindössze két adózó helységet jegyeztek fel: Kálozt és Hörcsököt.34 Figyelembe kell venni természetesen, hogy az összeírok a török miatt sok falut nem tudtak vagy nem mertek felkeresni. Kápolnásnyék szűkebb környezetében, a Velencei-tó vidékén ugyanilyen méretű pusztulással járt az 1543. évi török hadjárat. 1546-ban a budai szandzsákhoz tartozó területen a tó környékéről a török összeírok csak Verebet és Fövenyt találták lakottnak, Baracskát. Szentivánt és Varsányt pedig pusztának. A többi helységet nem említik. A fehérvári szandzsákban, amelyet később szerveztek, a törökök csak mintegy húsz évvel a terület elfoglalása után, 1562—1565-ben hajtottak végre adóösszeírást. Az összeírás eredményeit rögzítő defterben a Velencei-tó közvetlen környékéről csak Dinnyés, Pákozd és Sukoró szerepel lakott helyként.
Az 1543. évi hadjárat következtében pusztává lett Kápolnásnyéket a török korban, mint adományozás, örökhagyás vagy birtokviták tárgyát említik a források. 1562-ben Pettendi Ilona az itteni birtokrészét Pettend, Bodmér, Velence és Papvára praediumokkal együtt unokáira, kettyei Finta Benedekre és Albertre hagyományozta. 1593-ban Fejér-kövi István királyi helytartó Palló Gáspárnak adományozott a praedium területén egy nemesi kúriát a Hosszú-völgy és Kút-völgy nevű rétekkel, továbbá a Cseplész nevű területen fekvő szántóföldekkel. Az adományozás tárgya bizonyára még fennálló lakóépület volt, hiszen az adománylevél nem kúriális telekről, hanem kifejezetten nemesi kúriáról szól, a kúriához tartozó földek megművelésének ténye pedig ha nem is feltétlenül helybeli, de közeli lakosságra utal. 1617-ben Pálffy Márton tiltakozott Komárom vármegye alispánja előtt amiatt, hogy Baracska, Iváncsa, Nyék, Nadap, Labdásvarsány és Szentpéter területén fekvő birtokaira különböző nemesek az állataikat ráhajtották, a legelőket, réteket, szántóföldeket, vetéseket elfoglalták. A tiltakozást a megyei törvényszék kihirdette. Nem tudni, kik voltak, hol laktak a bepanaszolt nemesek, de ilyen birtokfoglaló akciót csak közelben lakók, esetleg éppen helybeliek hajthattak végre, bár annak, hogy nyékiek voltak, csekély a valószínűsége. A győri káptalan egyik, 1630-ban kiadott oklevele Nyéket deserta possessio-nak, elhagyott, puszta birtoknak mondja. A terület visszafoglalása után mintegy tíz évvel, 1696-ban készült általános összeírás szerint Nyék nemcsak az összeírás időpontjában, hanem a török időkben is lakatlan volt, földjeit a környékbeli lakosok művelték. A művelés főleg legeltetésből és a rétek kaszálásából állt, hiszen 1696-ban itt mindössze 150 hold szántóföldet találtak. A földek használói a török időkben kétfelé adóztak: a török földesúrnak tizedet adtak mindenféle terményükből, a magyar földesúrnak pedig együttesen évente 20 Ft-ot, a földesúri jog elismerésének jeléül.
Az összeírás szerint a földesúri jogokat 1696-ban Balassa Ferenc tatai nemes gyakorolta. Ez a birtoklási helyzet hosszú pereskedés után alakult ki.
A Pettendi Ilona-féle birtokot, mint láttuk, a Finta család örökölte. Az ő révükön kerültek a Balassák Nyék birtokába. I. Lipót király Komárom megyéhez intézett, 1672. október 22-én kelt parancsával elrendelte, hogy a vármegye helyezze vissza Kápolnásnyék és Fertöfőnyék birtokába Balassa Pétert és Ferencet, akik igazolták, hogy Pettend, Bodmér, Kápolnásnyék és Fertöfőnyék pusztákat elődeik, Balassa János, Mihály és Miklós 1629-ben, Finta Alberttől, szerződés útján szerezték meg, majd e birtokokra Ferdinánd királytól donációt is kaptak. Birtokba-iktatásuk Komáromban, királyi ember jelenlétében történt. Az említett pusztákat a Balassa-atyafiság a birokszerzők halála után is háborítatlanul birtokolta, s jövedelmeit élvezte, mindaddig, amíg Deseő Jakab, Kovács Szabó István és Kaszap János Kápolnásnyékre és Fertőnyékre csalárd módon királyi adományt nem szereztek. A visszahelyezési parancs Deseő és társai hamis szándékának bizonyítékát látja abban is, hogy a birtokba-iktatást nem Komáromban, hanem Veszprémben végeztették.
A visszahelyezési parancs szövegéből nem derül ki, de tény, hogy a Balassák 1629-ben a Finta-örökségnek csak egyik részét szerezték meg. Erről a győri káptalan 1630-ban kiadott jelentőlevele szól: Esterházy Miklós nádor új adománya alapján kettyei Finta Albertet osztályos atyafiaival, Balassa Jánossal, Mihállyal és Miklóssal egyetemben beiktatták Bodmér, Pettend és Kápolnásnyék, másképp Fertőfő Nyék birtokába. A Finta-leszármazottak éppen emiatt találták sérelmesnek az 1672-es birtokba-iktatást, és azt perben támadták meg. Végül a két család kiegyezett egymással, és az egyezséget az 1696-ban kiadott osztálylevélben rögzítették. Az osztálylevélben a felek kölcsönösen elismerték egymást osztályos atyafiaknak, és Fertőfő vagy Kápolnás Nyék, Pettend, Gárdony és Velence területén fekvő birtokaikat egymás közt felosztották, egyszersmind kikötötték az egyik fél kihalása esetére a másik fél öröklési jogát. Az osztályban Nyék és Pettend a Balassáknak jutott.
